Το Γενικό Λύκειο Σούδας ξεκίνησε τη λειτουργία του με τη μορφή Λυκειακών τάξεων ως παράρτημα του 2ου Λυκείου Χανίων στις 13-6-1995 σύμφωνα με την Υπουργική απόφαση Δ4/476/13-6-1995 περί "Ίδρυσης ημερησίων και εσπερινών Γυμνασίων-Λυκείων, ΤΕΛ, ΤΕΣ, κ.λ.π." που δημοσιεύτηκε στο με αριθμό 548/22-6-1995 ΦΕΚ τΒ΄. Αυτονομήθηκε πλήρως το σχολικό έτος 1998-1999. Συστεγαζόταν με το Γυμνάσιο Σούδας από την ίδρυσή του μέχρι τον Ιούνιο του 2008. Σήμερα στεγάζεται σε ένα υπερσύγχρονο κτήριο με πλήρη υλικοτεχνική υποδομή. Τα εγκαίνια του κτηρίου πραγματοποιήθηκαν στις 14 Ιουλίου 2008 από τον Υπουργό Παιδείας κ. Ε. Στυλιανίδη.
Από το σχολείο μας έχουν αποφοιτήσει μέχρι τον Ιούνιο 2020 περίπου 2000 μαθητές, Πολλοί από αυτούς είναι καταξιωμένες ήδη προσωπικότητες στην επαγγελματική και κοινωνική ζωή. Κάποιοι από αυτούς διακρίνονται στον διεθνή επιστημονικό και ερευνητικό χώρο.
Διευθυντές του Λυκείου έχουν διατελέσει οι:
- Παπαδομανωλάκης Ιωάννης (από το σχολ. έτος 1995-1996 και 1996-1997)
- Τσουρουπάκης Κωνσταντίνος (1997-1998)
- Χατζηνικολάου Ιγνάτιος (1998-1999 και 1999-2000)
- Μαράκη Μαρία (2000-2001 και 2001-2002)
- Σπαθαράκης Νικόλαος ( 2002-2003 έως 2006-2007)
- Μαράκη Μαρία (από 2007-2008 έως 2021)